داستان بازی فارکرای ۶ در یک جزیره‌ی کارائیبی به نام «یارا» (Yara)، الهام‌گرفته شده از کشور کوبا، جریان دارد. این جزیره‌ی استوایی قرار است بزرگترین و وسیع‌ترین دنیای موجود در مجموعه فارکرای باشد. جیانکارلو اسپوزیتو در نقش دیکتاتور فاشیست این کشور که «انتون کستیلو» (Antón Castillo) نام دارد، ایفای نقش می‌کند. انتون پسری با نام دیگو دارد و می‌خواهد او را طوری تربیت کند تا به سرکوب مردم ادامه دهد. پدر انتون هم در گذشته دیکتاتور Yara بود که توسط مردم معترض کشته شد، برای همین انتون می‌خواهد تا ایدئولوژی خود را به پسرش منتقل کند. تئوری‌هایی در مورد این که داستان بازی Far Cry 6 قبل از بازی Far Cry 3 اتفاق می‌افتد، وجود دارد. این تئوری‌ها به این اشاره می‌کنند که ممکن است دیگو در اصل همان «واس»، شخصیت منفی بازی فارکرای ۳، باشد.

در بازی Far Cry 6 باید در نقش «دنی روخاس» (Dani Rojas)، یکی از اهالی Yara، به تجربه بازی بپردازیم. دنی سعی دارد تا کشورش را به شکوه گذشته‌اش برگرداند و آزاد کند.

همچنین در ابتدای بازی امکان انتخاب جنسیت شخصیت اصلی نیز وجود دارد.